溫泉出露處基巖多為巖漿巖，其花崗巖占57℅，火山巖占30℅，沉積巖占13℅，變質巖地區很少出露溫泉。溫泉出露明顯呈方向性，一般多呈北西和北東條帶狀排列，宏觀上看顯然與地質構造有關。溫泉主要分布在福州---順昌北西構造以南，較高溫度的溫泉又多分布在永定---閩清北東向構造以東地區。溫泉與新構造差異升降幅度、速度延續性密切相關。

 

  閩東南沿海地區，新構造運動表現為持續上升區，，上升時間長，幅度大，速度訣，平均每年以2.5mm速度上升，地表出露大面積深源混熔花崗巖。從其出露與形成深度考慮，其形成后至少上升3公里以上，故區內溫泉出露多，溫度亦較高。但濱海平原與紅土臺地區例外，因平原第四系地層沉積厚度較大，屬局部下降區；紅土臺地雖然屬排列上升區，但上升速度較慢，地質史上屬較穩定地段，故溫泉甚少出露。九龍江河口處的廈門---漳州一帶屬新構造運動強烈地區，其垂直形變平均每年在5mm左右，第四系同一地層界面在九龍江南北岸出露標高相差可達100米以上，故該地區是福建省近代中度地震頻繁發生區，也是較高溫泉分布區。

 

  閩東北沿海地區，新構造運動以下降為主，寧德以南微有上升，最大處可達3mm/年，地表火山巖廣布，花崗巖露頭少，上升量少，因此溫泉出露甚少。

 

  閩西北地區，該區屬大面積穩定上升區，垂直形變水平梯度甚小，古老變質巖廣泛出露而剝蝕，故少溫泉，更無較高溫度的溫泉出露。  閩西南地區，新構造表現為差異上升區，垂直形變水平梯度較大，第四系地層厚度變化大(單厚10---90米)，溫泉出露較多。

 

  溫泉與環狀構造有關，據衛星照片分析，福建有很多以古火山口為中心的環狀構造，較大的如永泰---福州、永定---詔安、永安環狀構造。其周圍分布的溫泉約占全省溫泉數的二分之一。環狀構造在垂直形變表現為上升區，可能與巖漿活動有關。當環狀構造與北西向構造、北東東向構造復合往往成為較高溫度溫泉的分布區。